В годы Великой Отечественной войны, безусловно, вынужденно происходит вторая трансформация Пионерии и, по сути дела, начинается третий этап её истории. Он характеризуется свёртыванием самодеятельных начал детской организации, ещё большей степенью сливания её с другими общественными институтами, прежде всего, со школой, что в условиях войны было вполне объяснимо.

В те грозные годы пионеры участвуют в борьбе с фашистами и в тылу, и на фронте, и за линией фронта. А сколько героев было взращено довоенной ещё Пионерией, тех, кто в рядах армии и трудового фронта вносил свой вклад в дело победы! Значит, созидательная социальная направленность организации сохранилась и даже возросла.

Общеизвестно, война нанесла колоссальный урон нашей стране. Нанесла она серьёзнейший ущерб и Пионерии. В чём?

В том, что в первое послевоенное десятилетие до детской организации руки толком у государства не дошли – велась титаническая работа по восстановлению из руин городов и сёл. Хотя пионеры конца 40-х – 50-х провели немало важных дел: операцию «Украсим Родину Садами!», всесоюзное соревнование «Отряд – спутник семилетки»; «Пионерскую двухлетку» с её трудовыми акциями, ситуация в самой организации была непростой. Как свидетельствуют историки детского движения, по сути дела, под вопросом оказалось само по себе наличие в эти годы самодеятельной организации юных. Существование в стране детей в красных галстуках превратилось в, своего рода, традицию. Тенденции же огосударствления Пионерии даже усилились. Именно в этот период ВПО имени В.И. Ленина превращается в сверхмассовую организацию. Так начинался новый, уже четвёртый, этап в пионерской истории. Его протекание было неоднозначным.

На рубеже 50-х – 60-х годов XX века, на ВПО, в известной мере, отразилась эпоха, так называемой «Оттепели».

Выразилось это, в частности в том, что тревога по поводу утери ВПО своей сущности как самодеятельной организации детей звучит на VIII Пленуме ЦК ВЛКСМ в 1957 году. И вот, появились пионерские штабы и другие формы привлечения ребят к управлению делами своей организацией, был открыт Всероссийский пионерский лагерь «Орлёнок», который многие годы был и «лабораторией передового опыта», и школой актива.

Едва ли полной случайностью является и появление именно тогда педагогической системы, связанной с именем И.П. Иванова, важным стержнем которой является методика коллективной творческой деятельности, больше известная, как «Коммунарская методика». Эта методика, построенная на основе товарищеской системы отношений взрослых и детей, задумывалась автором как инструментарий, в частности, для активизации самодеятельного потенциала и детской организации тоже, что было крайне важно и актуально.